Pomorskie Towarzystwo Filozoficzno-Teologiczne za główny cel działalności stawia sobie propagowanie i pogłębianie wiedzy z zakresu filozofii oraz chrześcijańskiej teologii i myśli społecznej, i szerzej – tradycji judeochrześcijańskiej.

Towarzystwo jest również zainteresowane interdyscyplinarnością wynikającą z otwarcia refleksji filozoficznej i teologicznej na spotkanie z wynikami badań religioznawczych, antropologicznych, kulturoznawczych, historycznych oraz pochodzącymi z obszaru wiedzy o sztuce i literaturze.

Przedstawione cele Towarzystwo chce realizować poprzez prowadzenie badań naukowych, interdyscyplinarnych projektów problemowych, organizowanie prelekcji, debat, seminariów, konferencji oraz prowadzenie działalności wydawniczej i publicystycznej.

Poprzez prowadzenie przedstawionych działań Towarzystwo pragnie znacząco wzbogacać intelektualne i kulturalne życie Pomorza, dając jego mieszkańcom nową jakość myśli.